Real-Time intelligence

Dissertação de mestrado em Computer ScienceOver the past 20 years, data has increased in a large scale in various fields. This explosive increase of global data led to the coin of the term Big Data. Big data is mainly used to describe enormous datasets that typically includes masses of unstructured data that may need real-time analysis. This paradigm brings important challenges on tasks like data acquisition, storage and analysis. The ability to perform these tasks efficiently got the attention of researchers as it brings a lot of oportunities for creating new value. Another topic with growing importance is the usage of biometrics, that have been used in a wide set of application areas as, for example, healthcare and security. In this work it is intended to handle the data pipeline of data generated by a large scale biometrics application providing basis for real-time analytics and behavioural classification. The challenges regarding analytical queries (with real-time requirements, due to the need of monitoring the metrics/behavior) and classifiers’ training are particularly addressed.Nos os últimos 20 anos, a quantidade de dados armazenados e passíveis de serem processados, tem vindo a aumentar em áreas bastante diversas. Este aumento explosivo, aliado às potencialidades que surgem como consequência do mesmo, levou ao aparecimento do termo Big Data. Big Data abrange essencialmente grandes volumes de dados, possivelmente com pouca estrutura e com necessidade de processamento em tempo real. As especificidades apresentadas levaram ao aparecimento de desafios nas diversas tarefas do pipeline típico de processamento de dados como, por exemplo, a aquisição, armazenamento e a análise. A capacidade de realizar estas tarefas de uma forma eficiente tem sido alvo de estudo tanto pela indústria como pela comunidade académica, abrindo portas para a criação de valor. Uma outra área onde a evolução tem sido notória é a utilização de biométricas comportamentais que tem vindo a ser cada vez mais acentuada em diferentes cenários como, por exemplo, na área dos cuidados de saúde ou na segurança. Neste trabalho um dos objetivos passa pela gestão do pipeline de processamento de dados de uma aplicação de larga escala, na área das biométricas comportamentais, de forma a possibilitar a obtenção de métricas em tempo real sobre os dados (viabilizando a sua monitorização) e a classificação automática de registos sobre fadiga na interação homem-máquina (em larga escala)

Adolescência, escola e o tempo na pandemia

O artigo se propõe a pensar o retorno dos adolescentes às escolas após a pandemia fazendo a articulação entre conceitos psicanalíticos e a importância da escola na transição que a adolescência representa para a constituição psíquica do sujeito. A partir de uma experiência de pesquisa-extensão em uma escola com estudantes do Ensino Médio, pensamos sobre como o laço social contemporâneo impacta os modos de subjetivação e a educação, relacionando-o ao mal-estar nos estudantes adolescentes nos contextos educativos brasileiros. Além disso, a dimensão da temporalidade tanto a própria da adolescência, quanto da escola e da pandemia que lhe atravessam foram tomadas como direcionamentos sendo o artigo dividido três partes: tempo na pandemia, tempo da escola e o tempo da adolescência.The article proposes to think about the return of adolescents to schools after the pandemic, articulating psychoanalytic concepts and the importance of school in the transition that adolescence represents for the subject's psychic constitution. Based on a research-extension experience in a school with high school students, we think about how the contemporary social bond impacts the modes of subjectivation and education, relating it to the malaise of adolescent students in Brazilian educational contexts. Furthermore, the dimension of temporality, both that of adolescence, as well as that of school and the pandemic that they are experiencing, were taken as directions, with the article divided into three parts: time during the pandemic, time at school and the time of adolescence

Considerations for a cloud-based system for IoT data acquisition from heterogeneous sensors

Air pollution is a rising concern, demanding for low cost air quality monitoring systems. In this paper, we describe the back-end of an air quality monitoring system, developed in the context of the NanoSen-AQM [3, 4] project, a project with the goal of creating a real-time system that allows for a cost-effective, distributed and ubiquitous air quality monitoring. In particular, we describe the Data Aggregation Module. The NanoSen-AQM [3, 4] project is focused in the air quality monitoring using low-cost nanosensors, developed in the context of the project. The system will have at its core a cloud system that supports a mobile application, a web application and third party platforms. The cloud system starts from receiving the data in cloud system and adding its database, so the data can be monitored by the web application. The cloud system can be divided in two modules: 1) the Central System; and 2) the Data Aggregation Modules. The Data Aggregation Modules collect data from the sensors, acting as a buffer for the messages to be inserted in central system database. The Central System is responsible for storage, processing and data access. The web, mobile and third party applications fetch data from the aforementioned module. The Data Aggregation Modules receives data from the sensors, which then sends it to Central System to be stored. This module can be further divided in two sub-modules: 1) the Data Input; and 2) the Data Publishing Service. The Data Input Module receives data from the RESTFul[1] and MQTT[2] protocols. MQTT is a protocol developed for sensors and IoT thinking how the sensors are exposed to low quality connections. In cases where sensors have low resources and can’t handle the MQTT library, RESTFul is considered the best alternative. In both protocols, there is a Message Authentication Code (MAC) that validates each message integrity. The application that receives the message from the sensors, will also receive an hash. After the message is received in the application, the message is processed and accepted only if the hash is valid. The message then reaches the data publishing service that serves as a buffer to hold the messages before being inserted in the database. Meanwhile, in data publishing service, the messages need to be processed so they can be inserted in the database. The data publishing service uses Apache Kafka with Kafka Streams in order to serve as a buffer and data processing, respectively

De novo transcriptome analysis of Hevea brasiliensis tissues by RNA-seq and screening for molecular markers

Abstract\ud \ud Background\ud The rubber tree, Hevea brasiliensis, is a species native to the Brazilian Amazon region and it supplies almost all the world’s natural rubber, a strategic raw material for a variety of products. One of the major challenges for developing rubber tree plantations is adapting the plant to biotic and abiotic stress. Transcriptome analysis is one of the main approaches for identifying the complete set of active genes in a cell or tissue for a specific developmental stage or physiological condition.\ud \ud \ud Results\ud Here, we report on the sequencing, assembling, annotation and screening for molecular markers from a pool of H. brasiliensis tissues. A total of 17,166 contigs were successfully annotated. Then, 2,191 Single Nucleotide Variation (SNV) and 1.397 Simple Sequence Repeat (SSR) loci were discriminated from the sequences. From 306 putative, mainly non-synonymous SNVs located in CDS sequences, 191 were checked for their ability to characterize 23 Hevea genotypes by an allele-specific amplification technology. For 172 (90%), the nucleotide variation at the predicted genomic location was confirmed, thus validating the different steps from sequencing to the in silico detection of the SNVs.\ud \ud \ud Conclusions\ud This is the first study of the H. brasiliensis transcriptome, covering a wide range of tissues and organs, leading to the production of the first developed SNP markers. This process could be amplified to a larger set of in silico detected SNVs in expressed genes in order to increase the marker density in available and future genetic maps. The results obtained in this study will contribute to the H. brasiliensis genetic breeding program focused on improving of disease resistance and latex yield.CNPqPROSULCAPESFUNDHER

Análise das alterações prognósticas em pacientes oncológicos acometidos pelo COVID-19 / Analysis of prognostic changes in cancer patients affected by COVID-19

INTRODUÇÃO: A pandemia de COVID-19, causada pelo novo coronavírus (SARS-CoV-2), se tornou um problema de saúde pública mundial. Nesse cenário, a idade avançada, o sexo, o histórico de tabagismo e a presença de comorbidades, entre elas, o câncer, foram mostradas na literatura como fatores associados a piora no prognóstico da doença.OBJETIVO: Apresentar efeitos da infecção pelo SARS-CoV-2 em pacientes oncológicos, visando alterações prognósticas. MÉTODO:  Trata-se de um resumo baseado no método de revisão de literatura com exposição de evidências. A revisão foi realizada nos bancos de dados nacionais e internacionais, tais como Scielo e PubMed. RESULTADOS: Segundo 25 estudos a neoplasia que pior se relacionou com a COVID-19 foi a pulmonar. A vulnerabilidade decorrente do tratamento oncológico altera o prognóstico para pior, as alterações mielopoiéticas resultantes do recurso terapêutico em conjunto com alterações provenientes do próprio câncer podem minar o cenário imunológico necessário para o combate à infecção viral. Com isso, uma nova análise estima que ocorrerá um aumento de 20% na mortalidade de pacientes oncológicos na Inglaterra nos próximos 12 meses devido ao SARS-CoV-2, em relação a anos anteriores.CONCLUSÃO: Conclui-se que os pacientes oncológicos têm pior prognóstico, em relação à população geral, quando infectados pelo COVID-19

Análise do conhecimento de homens acerca da prevenção do câncer de próstata / Analysis of men's knowledge about prostate cancer prevention

INTRODUÇÃO: O câncer de próstata (CaP) é um tumor recorrente mundialmente. A forma mais precisa de identificá-lo é por meio do exame de toque retal. No Brasil, assim como em outros países do mundo, o perfil de morbimortalidade por câncer de próstata tem sido alterado nas últimas décadas. De acordo com a Sociedade Brasileira de Urologia - SBU, um em cada seis homens com idade acima de 45 anos tem a possibilidade de ser portador dessa doença sem ter conhecimento que a possui. OBJETIVO: Verificar o conhecimento dos homens acerca da prevenção câncer de próstata.MÉTODO: Trata-se de um resumo baseado no método de revisão de literatura com exposição de evidências. A revisão foi realizada nos bancos de dados nacionais e internacionais, tais como Scielo e PubMed. RESULTADOS: Parte dos homens possuem conhecimentos básicos acerca do câncer de próstata, mas nem todos tinham entendimento sobre os métodos de prevenção e os exames de detecção precoce. Além disso, concluiu-se que existe um tabu em falar do assunto, em decorrência da realização do exame de toque retal. Nesse viés, uma parcela dos homens sente-se incomodados com o exame de toque retal por apresentarem tendências machistas, com isso, a prevenção para esse tumor é dificultada. Dessa forma, é constatado a existência de uma lacuna em relação as práticas preventivas na população do sexo masculino.CONCLUSÃO: Diante do exposto, conclui-se que o conhecimento dos homens acerca do câncer de próstata precisa ser enriquecido, com vista a prevenir o câncer de próstata e contribuir com o diagnóstico precoce da doença

Análise dos aspectos psicossociais dos pacientes portadores de câncer de mama

INTRODUÇÃO: A neoplasia mamária é o tumor invasivo de maior incidência e mortalidade entre mulheres no Brasil. Embora tenha um prognóstico favorável para a maioria das mulheres diagnosticadas em fase inicial da doença, a patologia é de grande relevância psicossocial para os pacientes e familiares dos diagnosticados. Os principais sintomas da doença são nódulos na mama e /ou axila, dor mamária e alterações na pele que recobre a mama.OBJETIVO: Apresentar os efeitos psicossociais em mulheres acometidas pelo câncer de mama.MÉTODO: Trata-se de um resumo baseado no método de revisão de literatura com exposição de evidências. A revisão foi realizada nos bancos de dados nacionais e internacionais, tais como Scielo e PubMed.RESULTADOS: As evidências demonstram que as mulheres portadoras da patologia demonstram tristeza, medo e raiva no período do diagnóstico de câncer de mama. Esses sentimentos estão associados à doença, bem como ao seu futuro em si e da sua família. Além disso, as situações inadequadas do serviço de saúde contribuem para as afeições das pacientes. O apoio social, caracterizado como um dos principais pilares de apoio psicológico, é provido de familiares e amigos, principalmente. Enquanto o nível de bem estar espiritual, em sua maioria, tem forte ligação religiosa.CONCLUSÃO: Dado o exposto, conclui-se que grande parcela dos pacientes sofre impactos psicossociais negativos envolvendo o diagnóstico e tratamento do câncer de mama, sendo a depressão e ansiedade os principais exemplos. Além disso, observa-se que o apoio das famílias é extremamente importante durante o período

ATLANTIC-PRIMATES: a dataset of communities and occurrences of primates in the Atlantic Forests of South America

Primates play an important role in ecosystem functioning and offer critical insights into human evolution, biology, behavior, and emerging infectious diseases. There are 26 primate species in the Atlantic Forests of South America, 19 of them endemic. We compiled a dataset of 5,472 georeferenced locations of 26 native and 1 introduced primate species, as hybrids in the genera Callithrix and Alouatta. The dataset includes 700 primate communities, 8,121 single species occurrences and 714 estimates of primate population sizes, covering most natural forest types of the tropical and subtropical Atlantic Forest of Brazil, Paraguay and Argentina and some other biomes. On average, primate communities of the Atlantic Forest harbor 2 ± 1 species (range = 1–6). However, about 40% of primate communities contain only one species. Alouatta guariba (N = 2,188 records) and Sapajus nigritus (N = 1,127) were the species with the most records. Callicebus barbarabrownae (N = 35), Leontopithecus caissara (N = 38), and Sapajus libidinosus (N = 41) were the species with the least records. Recorded primate densities varied from 0.004 individuals/km 2 (Alouatta guariba at Fragmento do Bugre, Paraná, Brazil) to 400 individuals/km 2 (Alouatta caraya in Santiago, Rio Grande do Sul, Brazil). Our dataset reflects disparity between the numerous primate census conducted in the Atlantic Forest, in contrast to the scarcity of estimates of population sizes and densities. With these data, researchers can develop different macroecological and regional level studies, focusing on communities, populations, species co-occurrence and distribution patterns. Moreover, the data can also be used to assess the consequences of fragmentation, defaunation, and disease outbreaks on different ecological processes, such as trophic cascades, species invasion or extinction, and community dynamics. There are no copyright restrictions. Please cite this Data Paper when the data are used in publications. We also request that researchers and teachers inform us of how they are using the data. © 2018 by the The Authors. Ecology © 2018 The Ecological Society of Americ